close
Bước tới nội dung

Riboviria

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia
Riboviria
Image
Theo chiều kim đồng hồ từ trên cùng bên trái: TEM của virus corona ở chim, virus bại liệt, thực khuẩn thể Qβ, Virus Ebola, virus khảm thuốc lá, Virus cúm A, Rotavirus, HIV-1. Ở giữa: tương đồng RT và RdRps với miền palm được bảo tồn.
Phân loại virus e
(kph): Virus
Vực: Riboviria
Giới

Riboviria là một vực virus bao gồm tất cả các loại virus sử dụng polymerase phụ thuộc RNA tương đồng để nhân lên. Vực này bao gồm các virus RNA mã hóa RNA polymerase phụ thuộc RNA, cũng như các virus phiên mã ngược (có bộ gen RNA hoặc DNA) mã hóa DNA polymerase phụ thuộc RNA. RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp), còn được gọi là RNA replicase, tạo ra RNA (axit ribonucleic) từ khuôn mẫu RNA. DNA polymerase phụ thuộc RNA (RdDp), còn được gọi là enzyme phiên mã ngược (RT), tạo ra DNA từ khuôn mẫu RNA. Các enzyme này rất cần thiết để sao chép bộ gen của virus và phiên mã các gen của virus thành RNA thông tin (mRNA) để dịch mã các protein của virus.

Riboviria được xác định vào năm 2018 để chứa tất cả các virus RNA mã hóa RdRp và được mở rộng một năm sau đó để bao gồm cả các virus mã hóa RdDp. Hai nhóm virus này được phân vào hai giới riêng biệt: Orthornavirae đối với các virus RNA mã hóa RdRp, và Pararnavirae đối với các virus mã hóa RdDp (tức là tất cả các virus phiên mã ngược). Hầu hết các virus nhân thực đã được xác định đều thuộc về vực này, bao gồm hầu hết các virus ở người, động vật và thực vật. Trong lịch sử, rất ít virus RNA nhân sơ được phát hiện thuộc vực này, nhưng trong những năm 2020, các nghiên cứu metagenomic và metatranscriptomic đã phát hiện ra nhiều virus RNA nhân sơ.

Nhiều bệnh do virus được biết đến rộng rãi nhất là do virus thuộc Riboviria gây ra, bao gồm virus corona, virus Ebola, HIV, virus cúm và virus dại. Những virus này và những virus khác trong vực đã nổi bật trong suốt lịch sử, bao gồm cả virus khảm thuốc lá, là loại virus đầu tiên được phát hiện. Nhiều virus phiên mã ngược tích hợp bộ gen của chúng vào bộ gen của vật chủ như một phần của chu trình nhân lên. Kết quả là, người ta ước tính rằng khoảng 7–8% bộ gen của con người có nguồn gốc từ các loại virus này.

Từ nguyên

[sửa | sửa mã nguồn]

Riboviria là một từ ghép của ribo, đề cập đến axit ribonucleic, và hậu tố -viria, là hậu tố được sử dụng cho các vực virus.[1] Các thành viên của vực này được gọi là ribovirian.[2]

Đặc điểm

[sửa | sửa mã nguồn]

Tất cả các thành viên của Riboviria đều chứa một gen mã hóa cho polymerase phụ thuộc RNA, còn được gọi là polymerase hướng RNA (RNA-directed polymerase). Có hai loại polymerase phụ thuộc RNA: RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp), còn được gọi là RNA replicase, tổng hợp RNA từ RNA, và DNA polymerase phụ thuộc RNA (RdDp), còn được gọi là enzyme phiên mã ngược (RT), tổng hợp DNA từ RNA.[3] Đối với các virus trong Riboviria, trong một hạt virus điển hình, gọi là virion, polymerase phụ thuộc RNA liên kết với bộ gen virus theo một cách nào đó và bắt đầu phiên mã bộ gen virus sau khi xâm nhập tế bào. Là một phần của chu trình sống của virus, polymerase phụ thuộc RNA cũng tổng hợp các bản sao của bộ gen virus như một phần của quá trình tạo ra virus mới.

Riboviria chứa ba loại virus nhân lên thông qua RdRp: virus RNA sợi đơn (ssRNA), có thể là sợi dương (+) hoặc sợi âm (-), và virus RNA sợi đôi (dsRNA); tất cả đều thuộc giới Orthornavirae. Virus +ssRNA có bộ gen có chức năng hoạt động như mRNA, và một sợi âm cũng có thể được tạo ra để hình thành dsRNA từ đó mRNA được phiên mã từ sợi âm.[4] Các sợi âm của bộ gen của virus -ssRNA và virus dsRNA đóng vai trò là khuôn mẫu để RdRp tạo ra mRNA.[5][6]

Có hai loại virus trong Riboviria nhân lên thông qua phiên mã ngược: virus RNA sợi đơn (ssRNA-RT), tất cả đều thuộc bộ Ortervirales, và virus DNA sợi đôi (dsDNA-RT), thuộc họ Caulimoviridae (cũng trong Ortervirales) và họ Hepadnaviridae của bộ Blubervirales. Tất cả các virus phiên mã ngược đều thuộc giới Pararnavirae. Virus ssRNA-RT có bộ gen sợi dương được RdDp phiên mã để tổng hợp một sợi DNA bổ sung âm (-cDNA). Sợi +RNA bị phân hủy và sau đó được thay thế bằng RdDp với một sợi +DNA để tổng hợp một bản sao dsDNA tuyến tính của bộ gen virus. Bộ gen này sau đó được tích hợp vào DNA của tế bào vật chủ.[7]

Đối với virus dsDNA-RT, một sợi tiền bộ gen +RNA (pregenomic +RNA) được phiên mã từ DNA vòng thư giãn (rcDNA), sợi này sau đó được RdDp sử dụng để phiên mã thành một sợi -cDNA. Sợi +RNA bị phân hủy và thay thế theo cách tương tự như virus +ssRNA-RT để tổng hợp rcDNA. Bộ gen rcDNA sau đó được sửa chữa bởi các cơ chế sửa chữa DNA của tế bào vật chủ để tổng hợp bộ gen DNA vòng đóng kín đồng hóa trị (cccDNA).[8] Bộ gen tích hợp của virus +ssRNA-RT và cccDNA của virus dsDNA-RT sau đó được enzyme RNA polymerase II của tế bào vật chủ phiên mã thành mRNA.[7][8]

mRNA của virus được dịch mã bởi ribosome của tế bào vật chủ để tạo ra các protein virus. Để tạo ra nhiều virus hơn, các polymerase phụ thuộc RNA của virus sử dụng các bản sao của bộ gen virus làm khuôn mẫu để sao chép bộ gen virus. Đối với virus +ssRNA, một bộ gen trung gian dsRNA được tạo ra, từ đó +ssRNA được tổng hợp từ sợi âm.[4] Đối với virus -ssRNA, bộ gen được tổng hợp từ các sợi dương bổ sung.[6] Virus dsRNA sao chép bộ gen của chúng từ mRNA bằng cách tổng hợp một sợi âm bổ sung để tạo thành dsRNA bộ gen.[5] Đối với virus dsDNA-RT, RNA tiền bộ gen được tạo ra từ cccDNA được phiên mã ngược thành các bộ gen dsDNA mới.[8] Đối với virus +ssRNA-RT, bộ gen được sao chép từ bộ gen đã tích hợp.[7] Sau khi sao chép và dịch mã, bộ gen và protein virus được lắp ráp thành các virion hoàn chỉnh, sau đó thoát khỏi tế bào vật chủ.

Các virus thuộc ngành Ambiviricota có bộ gen ssRNA vòng, ambisense (lưỡng nghĩa). Bộ gen của chúng chứa ít nhất hai khung đọc mở (ORF) và ribozyme ở các hướng ngược nhau của bộ gen—một phần dương của bộ gen và một phần âm của bộ gen. Vì lý do đó, chúng không được coi là sợi dương hay sợi âm mà là ambisense. Các Ambiviricot mã hóa RdRp, nhưng không giống như các virus khác thuộc Orthornavirae, chúng sao chép bộ gen của mình thông qua sao chép vòng lăn, một hình thức sao chép được sử dụng cho các bộ gen vòng.[9][10] Ngoài các ambiviricot, một số virus ssRNA khác cũng là ambisense vì chúng chứa các ORF trên cả hai sợi, bao gồm virus cúm và virus corona, nhưng những virus này sao chép theo cách điển hình của virus -ssRNA và +ssRNA tương ứng, vì vậy chúng vẫn được coi là virus -ssRNA và +ssRNA.[11]

Phát sinh chủng loại

[sửa | sửa mã nguồn]
Image
Biểu đồ ruy băng của các RNA polymerase của bốn ribovirian có quan hệ xa nhau. Miền palm được bảo tồn cao độ được hiển thị ở trung tâm và tô màu xanh lá cây cho cả bốn RNA polymerase.

Phân tích phát sinh chủng loại của các RNA polymerase được sử dụng để nghiên cứu lịch sử tiến hóa của Riboviria vì đây là gen duy nhất được bảo tồn ở tất cả các ribovirian.[2] Các enzyme phiên mã ngược của giới Pararnavirae cho thấy mối quan hệ với các RT của intron nhóm II mã hóa RT và các retrotransposon không lặp lại đoạn cuối dài (non-LTR), là các trình tự DNA tự sao chép.[3][12] Cụ thể hơn, hai bộ của giới này, Blubervirales và Ortervirales, dường như đã tiến hóa từ hai họ retrotransposon khác nhau vào hai dịp riêng biệt bằng cách thu nhận các protein vật chủ và sử dụng chúng để hình thành virion.[2]

Nguồn gốc của Orthornavirae ít rõ ràng hơn và tồn tại các giả thuyết khác nhau. Trong giả thuyết đầu tiên, virus của Orthornavirae cũng có nguồn gốc từ các yếu tố retro (retroelements) như intron nhóm II và retrotransposon non-LTR.[12][13] Trong giả thuyết thứ hai, cả các yếu tố retro và RdRp của virus đều có nguồn gốc từ một replicon RNA không có vỏ capsid (capsidless RNA replicon) hiện diện trong thế giới RNA.[13][14]

Ngành chưa được phân loại Taraviricota có thể là những tổ tiên RNA không vỏ capsid như vậy vì nó dường như là dòng dõi cơ sở mà từ đó tất cả các ngành Orthornavirae đều xuất phát.[13][15] Ngành Artimaviricota, được gọi là "virus ribo suối nước nóng", mã hóa một RdRp có quan hệ rất xa với RdRp của Orthornavirae và dựa trên phân tích cấu trúc của nó, có thể là trung gian giữa RdRp và RT.[2][16]

Các ribovirian nói chung không có mối quan hệ với các tác nhân virus bên ngoài vực này, với một vài ngoại lệ. Virus của giới Shotokuvirae trong vực Monodnaviria dường như đã xuất hiện vào nhiều dịp độc lập. Những monodnavirian này bắt nguồn từ nhiều sự kiện tái tổ hợp trong đó các plasmid vi khuẩn và cổ khuẩn sáp nhập với các bản sao DNA bổ sung của virus RNA sợi dương, cho phép các plasmid này thu được các protein vỏ capsid cần thiết để tạo thành virion.[17] Ngoài ra, ngành ribovirian Ambiviricota dường như có nguồn gốc lai (chimeric), trong đó một ribovirian và một viroid hoặc ribozyvirian chứa ribozyme đã tái tổ hợp để hình thành một dòng dõi mới.[2][9]

Phân loại

[sửa | sửa mã nguồn]

Riboviria bao gồm hai giới: Orthornavirae và Pararnavirae, giới sau là đơn hình (monotypic) xuống đến cấp lớp. Phân loại này có thể được hình dung như sau:[18]

  • Giới: Orthornavirae, chứa tất cả các virus RNA mã hóa RdRp, tức là tất cả các virus dsRNA, +ssRNA, -ssRNA và ssRNA ambisense, thường được gọi chung là virus RNA.
  • Giới: Pararnavirae, chứa tất cả các virus mã hóa RdDp, tức là tất cả các virus ssRNA-RT và dsDNA-RT, gọi chung là virus phiên mã ngược.

Ngoài ra, Riboviria còn chứa một bộ incertae sedis (vị trí chưa xác định) và hai họ incertae sedis chưa được gán vào các đơn vị phân loại cao hơn. Cần có thêm thông tin về chúng để biết vị trí chính xác của chúng trong các đơn vị phân loại cao hơn. Bộ incertae sedis là Tombendovirales, và hai họ incertae sedis là Polymycoviridae và Tonesaviridae.[3][18]

Riboviria hợp nhất một phần phân loại Baltimore với phân loại virus vì nó bao gồm các nhóm Baltimore cho virus RNA và virus phiên mã ngược trong vực này. Phân loại Baltimore là một hệ thống được sử dụng để phân loại virus dựa trên cách thức sản xuất mRNA của chúng. Nó thường được sử dụng cùng với phân loại virus chuẩn, dựa trên lịch sử tiến hóa. Tất cả các thành viên của năm nhóm Baltimore đều thuộc về Riboviria: Nhóm III: virus dsRNA, Nhóm IV: virus +ssRNA, Nhóm V: virus -ssRNA, Nhóm VI: virus ssRNA-RT, và Nhóm VII: virus dsDNA-RT. Vực là cấp phân loại cao nhất được sử dụng cho virus và Riboviria là một trong bảy vực. Các vực khác là Adnaviria, Duplodnaviria, Monodnaviria, Ribozyviria, Singulaviria, và Varidnaviria.[12][18][19]

Tương tác với vật chủ

[sửa | sửa mã nguồn]

Bệnh

[sửa | sửa mã nguồn]

Các ribovirian có liên quan đến một loạt các bệnh, bao gồm nhiều bệnh do virus được biết đến rộng rãi nhất. Các ribovirian nổi tiếng bao gồm:

Image
Ảnh hiển vi điện tử truyền qua được tô màu của SARS-CoV-2, nguyên nhân gây ra đại dịch COVID-19 và là một ribovirian.

Các virus động vật trong Riboviria bao gồm Orbivirus, gây ra nhiều bệnh khác nhau ở động vật nhai lại và ngựa, bao gồm Virus lưỡi xanh, Virus dịch tả ngựa châu Phi, Virus viêm não ngựa và Virus bệnh xuất huyết ở hươu.[44] Virus viêm miệng mụn nước gây bệnh ở gia súc, ngựa và lợn.[45] Dơi chứa nhiều loại virus bao gồm Ebolavirus và Henipavirus, cũng có thể gây bệnh cho người.[46] Tương tự như vậy, các virus chân đốt trong các chi Flavivirus và Phlebovirus rất nhiều và thường lây truyền sang người.[47][48] Virus corona và virus cúm gây bệnh ở nhiều loài động vật có xương sống khác nhau, bao gồm dơi, chim và lợn.[49][50] Họ Retroviridae chứa nhiều virus gây ra bệnh bạch cầu, suy giảm miễn dịch và các bệnh ung thư và bệnh liên quan đến hệ thống miễn dịch khác ở động vật.[51][52]

Các virus thực vật trong vực này rất nhiều và lây nhiễm cho nhiều loại cây trồng quan trọng về mặt kinh tế. Virus héo đốm cà chua ước tính gây thiệt hại hơn 1 tỷ đô la Mỹ hàng năm và lây nhiễm cho hơn 800 loài thực vật, bao gồm hoa cúc, xà lách, đậu phộng, ớt và cà chua. Virus khảm dưa chuột lây nhiễm cho hơn 1.200 loài thực vật và cũng gây thiệt hại đáng kể cho mùa màng. Virus khoai tây Y gây giảm đáng kể năng suất và chất lượng cho ớt, khoai tây, thuốc lá và cà chua, và Virus đậu mùa mận là loại virus quan trọng nhất trong các loại cây ăn quả hạch. Virus khảm Brome được tìm thấy ở khắp nơi trên thế giới và chủ yếu lây nhiễm cho các loại cỏ, bao gồm ngũ cốc, mặc dù nó không gây thiệt hại kinh tế đáng kể.[18][53]

Nội sinh hóa

[sửa | sửa mã nguồn]

Nhiều virus phiên mã ngược trong Riboviria tích hợp bộ gen của chúng vào DNA của vật chủ bằng enzyme integrase của retrovirus. Quá trình nội sinh hóa này là một phần của chu trình nhân lên của chúng, vì mRNA được tạo ra từ DNA tích hợp. Nội sinh hóa là một dạng chuyển gen ngang giữa các sinh vật không liên quan, và ước tính khoảng 7–8% bộ gen của con người bao gồm DNA của retrovirus. Nội sinh hóa có thể được sử dụng để nghiên cứu lịch sử tiến hóa của virus vì nó cho thấy khoảng thời gian gần đúng khi virus lần đầu tiên trở thành nội sinh trong bộ gen của vật chủ cũng như tốc độ tiến hóa của virus kể từ khi nội sinh hóa xảy ra lần đầu tiên.[54]

Lịch sử

[sửa | sửa mã nguồn]
Image
Ảnh hiển vi điện tử truyền qua của Virus khảm thuốc lá, loại virus đầu tiên được phát hiện và là một ribovirian.

Các bệnh do virus trong Riboviria gây ra đã được biết đến trong phần lớn lịch sử được ghi lại, mặc dù nguyên nhân của chúng chỉ được phát hiện trong thời hiện đại. Virus khảm thuốc lá được phát hiện vào năm 1898 và là loại virus đầu tiên được phát hiện.[55] Các virus lây truyền qua động vật chân đốt là trọng tâm trong sự phát triển của kiểm soát vector, thường nhằm mục đích ngăn ngừa nhiễm virus.[56] Trong lịch sử hiện đại, nhiều đợt bùng phát dịch bệnh đã do các thành viên khác nhau của vực này gây ra, bao gồm virus corona, ebola và cúm.[57] Đặc biệt, HIV đã có những tác động đáng kể đến xã hội vì nó gây ra sự sụt giảm mạnh về tuổi thọ và sự kỳ thị đáng kể đối với những người bị nhiễm.[58][59]

Trong một thời gian dài, mối quan hệ giữa nhiều loại virus trong Riboviria không thể được thiết lập do mức độ phân kỳ di truyền cao giữa các virus RNA. Với sự phát triển của metagenomics virus, nhiều loại virus RNA bổ sung đã được xác định, giúp lấp đầy những khoảng trống trong mối quan hệ của chúng.[13] Điều này dẫn đến việc thành lập Riboviria vào năm 2018 để chứa tất cả các virus RNA mã hóa RdRp dựa trên phân tích phát sinh chủng loại cho thấy chúng có họ hàng.[1] Một năm sau, tất cả các virus phiên mã ngược đã được thêm vào vực này. Các giới cũng được thành lập vào năm 2019, tách biệt hai nhánh polymerase phụ thuộc RNA.[3] Khi vực này được thành lập, nó đã bao gồm nhầm hai họ viroid, Avsunviroidae và Pospiviroidae, và chi Deltavirus, những thứ đã bị loại bỏ vào năm 2019 vì chúng sử dụng enzyme tế bào vật chủ để nhân lên chứ không phải RdRp hay RdDp.[60]

Theo truyền thống, Riboviria chủ yếu bao gồm các virus nhân thực với ít virus nhân sơ.[61] Tuy nhiên, nghiên cứu metagenomic và metatranscriptomic trong những năm 2020 đã phát hiện ra nhiều loại virus, bao gồm nhiều virus RNA vi khuẩn.[13][15] Những khám phá này chủ yếu xảy ra trong môi trường biển, nơi nhiều dòng dõi mới của virus RNA nhân thực và nhân sơ vi sinh vật đã được phát hiện.[16] Levivirus, một nhóm virus RNA vi khuẩn trước đây cấu thành họ Leviviridae, đã được thăng cấp lên hạng lớp, Leviviricetes, do số lượng lớn levivirus được phát hiện.[61] Nhiều ngành mới của Orthornavirae đã được phát hiện trong những năm 2020, bao gồm dòng dõi có thể là cơ sở Taraviricota.[13][62] Vai trò sinh thái của các loại virus biển mới này tương đối chưa được khám phá, nhưng chúng có thể tham gia vào quá trình tái chế chất dinh dưỡng trong một quá trình gọi là shunt virus.[16]

Tham khảo

[sửa | sửa mã nguồn]
  1. 1 2 Gorbalenya, AE; Krupovic, M; Siddell, S; Varsani, A; Kuhn, JH (ngày 15 tháng 10 năm 2018). "Riboviria: establishing a single taxon that comprises RNA viruses at the basal rank of virus taxonomy". ictv.global. International Committee on Taxonomy of Viruses. Bản gốc (docx) lưu trữ ngày 17 tháng 10 năm 2022. Truy cập ngày 9 tháng 3 năm 2019.
  2. 1 2 3 4 5 Koonin, EV; Kuhn, JH; Dolja, VV; Krupovic, M (ngày 8 tháng 1 năm 2024). "Megataxonomy and global ecology of the virosphere". ISME J. Quyển 18 số 1. tr. wrad042. doi:10.1093/ismejo/wrad042. PMC 10848233. PMID 38365236.
  3. 1 2 3 4 Venkataraman, S; Prasad, BV; Selvarajan, R (2018). "RNA Dependent RNA Polymerases: Insights from Structure, Function and Evolution". Viruses. Quyển 10 số 2. tr. 76. doi:10.3390/v10020076. PMC 5850383. PMID 29439471.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  4. 1 2 Ahlquist, P (2002). "RNA-dependent RNA polymerases, viruses, and RNA silencing". Science. Quyển 296 số 5571. tr. 1270–73. doi:10.1126/science.1069132. PMID 12016304.
  5. 1 2 Kondo, H; Chiba, S; Toyoda, K; Suzuki, N (tháng 1 năm 2013). "Evidence for negative-strand RNA virus infection in fungi". Virology. Quyển 435 số 2. tr. 201–09. doi:10.1016/j.virol.2012.10.002. PMID 23099204.
  6. 1 2 Rao, AL; Dugan, AS (2009). "Genome Replication and Packaging in Double-stranded RNA Viruses". Trong Patton, JT (biên tập). Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-21-9.
  7. 1 2 3 Hu, WS; Hughes, SH (2012). "HIV-1 reverse transcription". Cold Spring Harb Perspect Med. Quyển 2 số 10. tr. a006882. doi:10.1101/cshperspect.a006882. PMC 3475395. PMID 23028129.
  8. 1 2 3 Seeger, C; Mason, WS (tháng 3 năm 2000). "Hepatitis B virus biology". Microbiol Mol Biol Rev. Quyển 64 số 1. tr. 51–68. doi:10.1128/mmbr.64.1.51-68.2000. PMC 98986. PMID 10704474.
  9. 1 2 Kuhn, JH; và đồng nghiệp (ngày 23 tháng 7 năm 2024). "Ambiviricota, a novel ribovirian phylum for viruses with viroid-like properties". Journal of Virology. Quyển 98 số 7. tr. e0083124. doi:10.1128/jvi.00831-24. PMC 11265453. PMID 38856119.
  10. ↑ "Taxon Details: Ambiviricota". ictv.global. International Committee on Taxonomy of Viruses. Truy cập ngày 12 tháng 10 năm 2024.
  11. ↑ Nguyen, M; Haenni, AL (tháng 6 năm 2003). "Expression strategies of ambisense viruses". Virus Research. Quyển 93 số 2. tr. 141–50. doi:10.1016/S0168-1702(03)00094-7. PMID 12782362.
  12. 1 2 3 Koonin, EV; Dolja, VV; Krupovic, M (2015). "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity". Virology. Quyển 479–480. tr. 2–25. doi:10.1016/j.virol.2015.02.039. PMC 5861838. PMID 25771806.
  13. 1 2 3 4 5 6 Wolf, YI; Kazlauskas, D; Iranzo, J; Lucía-Sanz, A; Kuhn, JH; Krupovic, M; Dolja, VV; Koonin, EV (ngày 27 tháng 11 năm 2018). "Origins and Evolution of the Global RNA Virome". mBio. Quyển 9 số 6. tr. e02329-18. doi:10.1128/mBio.02329-18. PMC 6282212. PMID 30482837.
  14. ↑ Koonin, EV; Senkevich, TG; Dolja, VV (2006). "The ancient Virus World and evolution of cells". Biology Direct. Quyển 1. tr. 29. doi:10.1186/1745-6150-1-29. PMC 1594574. PMID 16984643.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  15. 1 2 Zajac, V; Ziegler, SJ; Kallmeyer, J; Mutschler, H (2022). "Evaluation of RNA enrichment methods for low-input samples". Anal Biochem. Quyển 658. tr. 114925. doi:10.1016/j.ab.2022.114925.
  16. 1 2 3 Neri, U; Wolf, YI; Roux, S; Camargo, AP; Lee, B; Kazlauskas, D; Chen, IM; Ivanova, N; Zeigler Allen, L; Paez-Espino, D; Bryant, DA; Bhaya, D; Krupovic, M; Dolja, VV; Kyrpides, NC; Koonin, EV; Gophna, U (2022). "Expansion of the global RNA virome reveals diverse clades of bacteriophages and archaeal viruses". Cell. Quyển 185 số 21. tr. 4023–4037.e18. doi:10.1016/j.cell.2022.08.023.
  17. ↑ Kazlauskas, D; Varsani, A; Koonin, EV; Krupovic, M (2019). "Multiple Origins of Prokaryotic and Eukaryotic Single-Stranded DNA Viruses from Bacterial and Archaeal Plasmids". Nature Communications. Quyển 10 số 1. tr. 3425. doi:10.1038/s41467-019-11433-0. PMC 6668415. PMID 31366885.
  18. 1 2 3 4 "Virus Metadata Resource (VMR)". ictv.global. International Committee on Taxonomy of Viruses. Truy cập ngày 28 tháng 1 năm 2024.
  19. ↑ Krupovic, M; Blomberg, J; Coffin, JM; Dasgupta, I; Fan, H; Geering, AD; Gifford, R; Harrach, B; Hull, R; Johnson, W; Kreuze, JF; Lindemann, D; Llorens, C; Lockhart, B; Mayer, J; Muller, E; Olszewski, N; Pappu, HR; Pooggin, M; Richert-Pöggeler, KR; Sabanadzovic, S; Sanfaçon, H; Schoelz, JE; Seal, S; Stavolone, L; Stoyanova-Dimitrova, R; Teycheney, PY; Transeau, P; Zoonen, J; Koonin, EV (2020). "Ortervirales: New Virus Order Unifying Five Families of Reverse-Transcribing Viruses". Journal of Virology. Quyển 92 số 12. tr. e00515-18. doi:10.1128/JVI.00515-18. PMC 5974489. PMID 29618642.
  20. ↑ Cui, J; Li, F; Shi, ZL (2019). "Origin and evolution of pathogenic coronaviruses". Nature Reviews Microbiology. Quyển 17 số 3. tr. 181–192. doi:10.1038/s41579-018-0118-9. PMC 7097006. PMID 30531947.
  21. ↑ Bente, DA; Forrester, NL; Watts, DM; McAuley, AJ; Whitehouse, CA; Bray, M (2013). "Crimean-Congo hemorrhagic fever: history, epidemiology, pathogenesis, clinical syndrome and genetic diversity". Antiviral Research. Quyển 100 số 1. tr. 159–89. doi:10.1016/j.antiviral.2013.07.006. PMID 23906741.
  22. ↑ Guzman, MG; Halstead, SB; Artsob, H; Buchy, P; Farrar, J; Gubler, DJ; Hunsperger, E; Kroeger, A; Margolis, HS; Martínez, E; Nathan, MB; Pelegrino, JL; Simmons, C; Yoksan, S; Peeling, RW (2010). "Dengue: a continuing global threat". Nature Reviews Microbiology. Quyển 8 số 12 Supp. tr. S7–16. doi:10.1038/nrmicro2460. PMC 7097090. PMID 21079655.
  23. ↑ Kuhn, JH (2019). "Filoviridae: The Marburgviruses and Ebolaviruses". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1436–65.
  24. ↑ Jonsson, CB; Figueiredo, LT; Vapalahti, O (2010). "A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease". Clinical Microbiology Reviews. Quyển 23 số 2. tr. 412–41. doi:10.1128/CMR.00062-09. PMC 2863364. PMID 20375360.
  25. ↑ Gupta, E; Bajpai, M; Choudhary, A (2010). "Hepatitis virus: a concise review". Annals of African Medicine. Quyển 10 số 2. tr. 85–92. doi:10.4103/1596-3519.82064. PMID 21691012.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  26. ↑ Sharp, PM; Hahn, BH (2011). "Origins of HIV and the AIDS pandemic". Cold Spring Harb Perspect Med. Quyển 1 số 1. tr. a006841. doi:10.1101/cshperspect.a006841. PMC 3234451. PMID 22229120.
  27. ↑ Bouvier, NM; Palese, P (2008). "The biology of influenza viruses". Vaccine. Quyển 26 số Suppl 4. tr. D49–53. doi:10.1016/j.vaccine.2008.07.039. PMC 3074182. PMID 19230160.
  28. ↑ Campbell, GL; Hills, SL; Fischer, M; Jacobson, JA; Hoke, CH; Hombach, JM; Marfin, AA; Solomon, T; Tsai, TF; Tsuji, K; Van Der Eijk, AA; Gingrich, JB (2011). "Estimated global incidence of Japanese encephalitis: a systematic review". Bulletin of the World Health Organization. Quyển 89 số 10. tr. 766–74. doi:10.2471/BLT.10.085232. PMC 3209971. PMID 22084515.
  29. ↑ Yun, NE; Walker, DH (2012). "Pathogenesis of Lassa fever". Viruses. Quyển 4 số 10. tr. 2031–48. doi:10.3390/v4102031. PMC 3497040. PMID 23202452.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  30. ↑ Griffin, DE (2019). "Measles Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1036–64.
  31. ↑ Rubin, SA; Carbone, KM; Rota, PA (2019). "Mumps Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1064–91.
  32. ↑ Green, KY (2019). "Caliciviridae: The Noroviruses". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 582–608.
  33. ↑ Racaniello, VR (2019). "Picornaviridae: The Viruses and Their Replication". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 453–89.
  34. ↑ Jackson, AC (2019). "Rhabdoviridae: Rabies Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1237–68.
  35. ↑ Collins, PL; Fearns, R; Graham, BS (2019). "Respiratory Syncytial Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1092–1136.
  36. ↑ Gern, JE; Bochkov, YA; Mochkar, A (2019). "Rhinovirus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 520–44.
  37. ↑ Ikegami, T; Makino, S (2011). "The pathogenesis of Rift Valley fever". Viruses. Quyển 3 số 5. tr. 493–519. doi:10.3390/v3050493. PMC 3111045. PMID 21666766.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  38. ↑ Greenberg, HB; Estes, MK (2019). "Rotaviruses". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1327–70.
  39. ↑ Hobman, TC; Frey, TK (2019). "Togaviridae: Rubella Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 729–57.
  40. ↑ Gritsun, TS; Lashkevich, VA; Gould, EA (2003). "Tick-borne encephalitis". Antiviral Research. Quyển 57 số 1–2. tr. 129–46. doi:10.1016/s0166-3542(02)00206-1. PMID 12615309.
  41. ↑ Chancey, C; Grinev, A; Volkova, E; Rios, M (2015). "The Global Ecology and Epidemiology of West Nile Virus". BioMed Research International. Quyển 2015. tr. 376230. doi:10.1155/2015/376230. PMC 4378713. PMID 25866777.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  42. ↑ Monath, TP; Vasconcelos, PFC (2019). "Flaviviridae: Yellow Fever Virus". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 816–51.
  43. ↑ Musso, D; Ko, AI; Baud, D (2019). "Zika Virus". Clinical Microbiology Reviews. Quyển 32 số 4. tr. e00007-19. doi:10.1128/CMR.00007-19. PMC 6750138. PMID 31291176.
  44. ↑ Mertens, PP (2004). "The dsRNA viruses". Virus Research. Quyển 101 số 1. tr. 3–13. doi:10.1016/j.virusres.2003.12.002. PMID 15010212.
  45. ↑ Letchworth, GJ; Rodriguez, LL; Barrera, Jdel C (1999). "Vesicular stomatitis". The Veterinary Journal. Quyển 157 số 3. tr. 239–60. doi:10.1053/tvjl.1998.0303. PMID 10328837.
  46. ↑ Calisher, CH; Childs, JE; Field, HE; Holmes, KV; Schountz, T (2006). "Bats: important reservoir hosts of emerging viruses". Clinical Microbiology Reviews. Quyển 19 số 3. tr. 531–45. doi:10.1128/CMR.00017-06. PMC 1539106. PMID 16847084.
  47. ↑ Simmonds, P; Becher, P; Bukh, J; Gould, EA; Meyers, G; Monath, T; Muerhoff, S; Pletnev, A; Rico-Hesse, R; Stapleton, JT; Smith, DB (2017). "ICTV Virus Taxonomy Profile: Flaviviridae". Journal of General Virology. Quyển 98 số 1. tr. 2–3. doi:10.1099/jgv.0.000672. PMC 5370381. PMID 28218572.
  48. ↑ Elliott, RM; Brennan, B (2014). "Emerging Phleboviruses". Molecular Biology of Emerging Bunyaviruses. Caister Academic Press. tr. 1–39.
  49. ↑ Woo, PC; Lau, SK; Lam, CS; Lau, CC; Tsang, AK; Lau, JH; Bai, R; Teng, JL; Tsang, CC; Wang, M; Zheng, BJ; Chan, KH; Yuen, KY (2012). "Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus". Journal of Virology. Quyển 86 số 7. tr. 3995–4008. doi:10.1128/JVI.06540-11. PMC 3302495. PMID 22278237.
  50. ↑ Vemula, SV; Zhao, J; Liu, J; Wang, X; Biswas, S; Hewlett, I (2016). "Current Scenario of Influenza A (H1N1) Virus Outbreaks in China". Viruses. Quyển 8 số 4. tr. 87. doi:10.3390/v8040087. PMC 4848582. PMID 27043615.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
  51. ↑ Coffin, JM (2019). "Retroviridae: The Viruses and Their Replication". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 1371–1422.
  52. ↑ Vogt, PK (1997). "Historical Introduction to the General Properties of Retroviruses". Trong Coffin, JM; Hughes, SH; Varmus, HE (biên tập). Retroviruses. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  53. ↑ Scholthof, KB; Adkins, S; Czosnek, H; Palukaitis, P; Jacquot, E; Hohn, T; Hohn, B; Saunders, K; Candresse, T; Ahlquist, P; Hemenway, C; Foster, GD (2011). "Top 10 plant viruses in molecular plant pathology". Molecular Plant Pathology. Quyển 12 số 9. tr. 938–54. doi:10.1111/j.1364-3703.2011.00752.x. PMC 6640356. PMID 22017770.
  54. ↑ Johnson, WE (2019). "Origins and evolutionary consequences of ancient endogenous retroviruses". Nature Reviews Microbiology. Quyển 17 số 6. tr. 355–70. doi:10.1038/s41579-019-0189-2. PMID 30971775.
  55. ↑ Lecoq, H (2001). "Discovery of the first virus, the tobacco mosaic virus: 1892 or 1898?". Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Série III. Quyển 324 số 10. tr. 929–33. doi:10.1016/s0764-4469(01)01368-3. PMID 11570281.
  56. ↑ Gubler, DJ (2019). "Arboviruses and Rodent-Borne Viruses". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 112–45.
  57. ↑ Lippincott-Schwartz, J (2019). "Virus-Host Interactions". Trong Knipe, DM; Howley, PM (biên tập). Fields Virology (ấn bản thứ 6). Wolters Kluwer. tr. 244–75.
  58. ↑ De Cock, KM; Jaffe, HW; Curran, JW (2012). "The evolving epidemiology of HIV/AIDS". AIDS. Quyển 26 số 10. tr. 1205–13. doi:10.1097/QAD.0b013e328354622a. PMID 22706007.
  59. ↑ Mahajan, AP; Sayles, JN; Patel, VA; Remien, RH; Sawires, SR; Ortiz, DJ; Szekeres, G; Coates, TJ (2008). "Stigma in the HIV/AIDS epidemic: a review of the literature and recommendations for the way forward". AIDS. Quyển 22 số Suppl 2. tr. S67–79. doi:10.1097/01.aids.0000327438.13291.62. PMC 2835402. PMID 18641472.
  60. ↑ "ICTV Master Species List 2019.v1". ictv.global. International Committee on Taxonomy of Viruses. Truy cập ngày 28 tháng 1 năm 2024.
  61. 1 2 Callanan, J; Stockdale, SR; Adriaenssens, EM; Kuhn, JH (2020). "Rename one class (Leviviricetes - formerly Allassoviricetes), rename one order (Norzivirales - formerly Levivirales), create one new order (Timlovirales), and expand the class to six families, 420 genera and 883 species" (docx). ICTV.
  62. ↑ Edgar, RC; Taylor, J; Lin, V; Altman, T; Barbera, P; Meleshko, D; Lohman, D; Novakovsky, G; Buchfink, B; Al-Shayeb, B; Banfield, JF (2022). "Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery". Nature. Quyển 602 số 7895. tr. 142–147. doi:10.1038/s41586-021-04332-2. PMID 35082445.

Đọc thêm

[sửa | sửa mã nguồn]
Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Riboviria&oldid=74931421”